محمد زرقانی در یک خانواده مذهبی متوسط در روستای دستجرد از توابع استان همدان در سال 1352 شمسی متولد شد. تحصیلات دوران ابتدایی و راهنمایی را در محل تولد گذراند و جهت ادامه تحصیل در مقطع دبیرستان به شهرستان کبورداهنگ رفت ولی قبل از پایان تحصیلات این دوره در سال 1369 وارد حوزه علمیه قم گردید. او سطوح مختلف علوم حوزوی از مقدمات تا سطوح عالی را در محضر اساتید مختلف گذاراند. و بعد از اتمام سطح 3 در دروس خارج اساتیدی چون حضرات و آیات عظام فاضل لنکرانی، نوری همدانی، میرزا جواد آقا تبریزی، مکارم شیرازی و  همچنین در بحث تفسیر حضرت آیت الله جوادی آملی شرکت نمود. ایشان همزمان با تحصیلات حوزه، پس از اتمام دوره دبیرستان وارد دانشگاه شده و با پشت سرگذاشتن دوره های مختلف دانشگاهی موفق شد با اخذ مدرک دکتری تخصصی(phd) در رشته تاریخ تشیع اثنی عشری از دانشگاه ادیان و مذاهب قم فارغ التحصیل شود. 

نام برده همچنین دارای فعالیت های  مختلف آموزشی، پژوهشی، فرهنگی تبلیغی و اجرائی در نقاط مختلف کشور و مراکز حوزی و دانشگاهی بوده است.